Magnetron je najsloženiji element mikrotalasne pećnice i kao takav je podložan mnogim kvarovima.  Iako za nastanak kvara magnetrona može biti više uzroka, svi se mogu svrstati u četiri grupe: Greške pri proizvodnji magnetrona, oštećenje u transportu, nepravilna upotreba i habanje tokom eksploatacije. Detekcija ovih kvarova nije komplikovana jer većina ima karakteristične, jasno vidljive simptome koji ne zahtevaju nikakvo merenje da bi bili utvrđeni.

Magnetron koji radi pod idealnim uslovima može da radi i do 20000 sati. Bez obzira na dugi radni vek magnetrona, on je potrošni materijal i može se očekivati da će, vremenom, prestati da radi. Ipak, kada je životni vek, neočekivano kratak, mora se postaviti pitanje uzroka kvara.

Prilikom transporta mikrotalasne pećnice ili njenog pomeranja može doći do udara ili jakih vibracija, koje mogu oštetiti magnetron. Za zagrevanje katode se koristi Torijum-Volframova žica (žarna nit). Ova žarna nit je tako konstruisana da može da izdrži velike struje ali zbog toga ima jako lošu mehaničku čvrstoću. Kada je miktoralasna pećnica izložena udarcu ili jakim vibracijama to može da uzrokuje lom ove žarne niti. Takav magnetron se ne može popraviti i mora se zameniti.

Kada se mikrotalasna pećnica otvori vidljiva je gomila kablova što zahteva veliki broj kontakata. Prilikom velikih vibracija, mikrotalasna pećnica, može biti izložena u transportu može doći do razlabavljenosti pojedinih kontakata. Naročito je to loše ako se desi na visokonaponskom delu mikrotalasne pećenice. Labavi kontakti na provodnicima kojima se napaja magnetron stvaraju veću struju na tim mestima. Ova struja uzrokuje zagrevanje. Ovaj proces je progresivan, raste otpornost, raste struja, raste temperatura sve dok ne dože do potpunog prekida. Ova mesta se lako  vide jer su nagorela usled velike temperature.

Kada su u pitanju loši kontakti postoji još jedno mesto koje može biti uzrok prestanka rada mikrotalasne pećnice. To su mali kalemi koji se nalaze na samom magnetronu. Loš kontakt na njima često uzrokuje prestanak rada. Pored toga, kao što znamo, loši kontakti povećavaju ukupnu otpornost grejača što stvara veću struju, odnosno veću temperaturu grejača. Prevelika temperatura na katodi dovodi do deformacije žarne niti, ali i ispuštanja rezidualnog gasa iz elektroda, što za posledicu ima slabljenje vakuuma koji postoji između elektroda.  Gubljenje vakuuma unutar cevi magnetrona rezultira znatnim smanjenjem emisije elektrona na katodi, odnosno padom izlazne snage magnetrona.  Kvar zbog gubitka kontakta se može popraviti ponovnim lemljenjem ili zamenom buksni na provodnicima.

Još jedan od kvarova koji može nastati od udarca u transpojtu je lom stalnih magneta. Ovi magneti su veoma važni za rad magnetrona. Poremećaj u stalnom magnetnom polju izaziva nepravilan rad ili čak potpuni prestanak rada. Ovaj lom stalnih magneta može biti uzrokovan i nepravilnom upotrebom. Postavljanje metalnih posuda u komoru za zagrevanje reflektuje se mikrotalasna energija prema magnetronu. Ova pojava povećava temperaturu magnetrona usled čega dolazi do loma magneta. Ovaj kvar se prepoznaje po isprekidanom zvuku, izuzetno vruć magnetron a hrana se slabo ili nikako greje. Magnetron se mora zameniti.

Oštećenje usled nepravilne upotrebe se uglavnom svodi na postavljanje predmeta u prostor za zagrevanje, koji nisu tome namenjene. U prvom redu, to su metalne posude. Metal, kao što je poznato, ne apsorbuje već reflektuje mikrotalase. Reflektovani mikrotalasi u magnetronu dovode do povećanja temperature. S obzirom da se magnetron jako zagreva, i tokom ispravnog rada, povećanje temperature je često fatalno za njega.

Magnetron je, strogo gledajući, obična antena za odašiljanje mikrotalasa. Detaljnije o radu magnetrona možete više pročitati u tekstu pod nazivom kako radi magnetron u mikrotalasnoj pećnici. Vrh antene je zaštićen metalnom kapicom. Topljenje ili nagorevanje antenske kapice najčešće je uzrokovano reflektovanom mikrotalasnom energijom. Refleksija mikrotalasa je, gotovo uvek, uzrokovana korišćenjem metalnih posuda prilikom zagrvanja hrane. Naročito su osetljive mikrotalasne pećnice starijeg datuma. Tokom rada, sa ovakvim kvarom, iz mikrotalasne pećnice se čuje praskav zvuk kao kod zavarivanja ili šmercovanja električnih kontakata. Pored toga, hrana se slabo ili nikako zagreva. Kod ovakvog kvara je obavezna zamena magnetrona.

Na oba kraja magnetrona postoje izolatori od keramike. Keramika je neophodna zbog značajnog zagrevanja magnetrona. Na strani katode temperatura je izuzetno visoka zbog toplotnog zračenja grejača. Na strani antene javlja se zagrvanje usled zračenja antene. Pd uticajem povećane refleksije mikrotalasa dolazi do povećanja temperature i pregrevanja keramičkih delova, usled čega ona može da pukne. Lom počinje malom pukotinom na izolatoru koji pri svakom narednom korišćenju propušta sve više mikrotalasa. Rad sa takvim oštećenjem prati brujanje u radu, praskav zvuk i miris kao kod zavarivanja i na kraju prestanak grejanja hrane. Magnetron se mora zameniti. Na nekim starijim modelima keramički izolatori su svetlo ljubičaste boje. To označava da se unutar njih nalazi Berilijum oksid, izuzetno toksična i kancerogena materija. Sa ovakvim magnetronima se mora biti naročito oprezan jer udisanje fine prašine ovog materijala može prouzrokovati ozbiljne zdravstvene probleme.

Posle niza radnih ciklusa usled velikog broja promena temperatura žarna nit na katodi može da se deformiše. Deformacija torijom-volframove niti dovodi do poremećaja interakcionog porstora između anode i katode.Ovo, potencijalno, može dovesti do pada snage ali i povećanja struje u žarnoj niti što joj ubrzano skraćuje životni vek.

Uzrok pada izlazne snege magnetrona nije uvek povezan sa padom emisije elektrona. Glavni razlog smanjenja izlazne snage je smanjenje efikasnosti usled povećanog gubitka površine u šupljinama anode.